NGS DNA-seq pipeline: GATK Best Practice Code – Part2. Bam to Vcf
지난 글에 이어서, 생성된 Bam 파일로부터 변이들을 읽어 들이고, haplotype call을 하는 두번째 파트의 code를 정리해보겠습니다. 아래 코드는 GATK 4.1.3 버젼을 기반으로 작성되었습니다. GATK 버젼에 따라서 조금씩 Tool과 명령어에 차이가 있습니다. 전반적인 흐름은 아래와 같습니다. 관련 포스팅 보기> NGS DNA-seq pipeline: GATK Best Practice Code – Part1. Fastq to Bam NGS 분석 파이프 라인의 이해: GATK Best Practice [계속 Update
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