Tag Archives: PCR

[실험실 노트] Problems amplifying GC-rich regions? Problem Solved!

PCR 실험 도중 유용한 글이 있어 스크랩한다. Problems amplifying GC-rich regions? Problem Solved! No, it isn’t you that’s the problem, and you’re certainly not alone if you’re having trouble amplifying GC-rich sequence and/or understanding why GC-rich sequences are causing such problems in the first place! Amplification of GC-rich sequences by PCR has been an irritant for scientists for decades! When

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[스크랩] PCR에서 GC enhancer의 역할

PCR 관련 제품 제조회사에서 GC enhancer, band helper 등등으로 판매하는 제품이 어떠한 원리로 작동하는지 검색하다가 유용한 답변이 있어, 스크랩한다. 해당 solution에는 betaine과 비슷한 물질이 포함되어 있는데, 이 물질은 AT의 이중 수소 결합과 GC의 삼중 수소 결합에 영향을 미치고, 결론적으로 GC 결합의 안정도를 AT 결합보다 더 떨어뜨려 AT와 GC의 안정도의 차이를 줄여주는 효과를 일으킴으로써 GC content의 차이에 의해서 PCR이 영향을 받는

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Gibson Assembly 활용

전통적인 Restriction enzyme을 활용한 Cloning의 경우, overhang되는 nucleotide가 많아야 4~6개 정도 밖에 안되기 때문에 특이도도 떨어지고, 효율성의 측면에서 안타까운 점이 많다. Gibson assembly는 Restriction enzyme site에 구애받지 않으며, T5 exonuclease의 특성을 활용하여 더 특이적이고 효율적으로 Cloning을 수행할 수 있다. 마지막으로 동시에 여러개의 assembly를 동시에 한번에 반응시킬 수 있어 시간이 엄청나게 단축되며 편리하다. Primer design Gibson assembly는 서로 fusion 하고자 하는

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[스크랩] Tips for successful cloning from NEB

NEB 사이트에서 클로닝 실험에 도움이 되는 유용한 동영상이 있어서 스크랩합니다.   Overview of PCR Cloning https://play.vidyard.com/wDDbDDd7jvDsKfRdqRXkLm.html?v=3.1.1   How to Perform a Transformation with NEB Competent Cells https://play.vidyard.com/M5RjwU8vrfx529RgXrKaoE.html?v=3.1.1   Tips for Successful Transformations with NEB Competent Cells https://play.vidyard.com/4dZcVM1oy6cuhqjoKhgVCk.html?v=3.1.1

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[실험실 노트] 성공적인 Cloning 실험을 위한 Tip

최근에 뒤늦게 파이펫을 잡기 시작해서, 요새 wet lab의 세계에 풍덩 빠져 있습니다. 두달 가까이 클로닝 실험만 했는데, 흔히 말하는 사수가 없어서 고생이란 고생은 죽실나게 하면서 실패하기를 여러 차례, 드디어 클로닝 실험에 성공하였습니다! 구글신과 BRIC 실험 Q&A 등등 실험 노하우에 대해서 살펴 보면서 나름대로 연구를 했는데, 이번 포스팅은 이러한 저만의 개(?)고생을 토대로 터득한 클로닝 실험의 노하우들을 포스팅해보고자 합니다. 어떤 제한 효소(Restriction

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