Tag Archives: NGS 분석

NGS 분석 파이프 라인의 이해: GATK Best Practice

최근들어 제 블로그의 방문자들이 눈에 띄게 증가했습니다. 대부분 구글 검색을 통해서 유입되는 분들인데, 검색어 통계를 보니 NGS 관련 내용에 대해서 검색하다가 들어오는 사람들이 많았습니다. 그래서 저에게는 쉬운 내용들이라 하더라도, 일반인들이 궁금해하는 내용에 대해서도 정리해두어야 겠다는 생각이 들어서 이번 포스팅은 NGS 장비를 통해서 생산된 데이터를 어떻게 분석하는지, 전반적인 파이프 라인에 대해서 개념을 소개하는 포스팅을 올려볼까 합니다. 우선, 차세대 염기 서열 분석법

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암유전체 분석: Waterfall plot

최근에 종양 내과에 계신 선배와 함께 담관암 (Biliary tract cancer) 환자들의 암유전체 (Cancer Genomics) 관련 NGS 분석을 시작했습니다. 확실히 작년부터 다양한 질환과 환자들의 다양한 유전체 데이터를 접하다보니, 데이터셋의 특성에 따라서 분석 및 접근 방법이 많이 다른 것을 느낍니다. 사실 그동안 저는 주로 Germline variant 분석을 했었는데, Somatic variant 가 더 중요한 암 환자들을 분석하기 위해서는 추가로 더 공부하고 알아야 할

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