Tag Archives: machine learning

AlphaFold를 이용한 단백질 구조 예측

최근 Alphafold의 소스 코드와 전체 단백질 예측 구조 데이터 베이스가 공개되면서, 정말 다양한 방면에 활용이 가능할 것으로 생각되고 있습니다. 유전체 연구자의 입장에서는 Alphafold를 이용하면 수 많은 변이들의 in-silico structural prediction이 가능하기에, 과거에 존재하던 variant prediction tool들 보다 훨씬 강력하고 정확한 예측 도구가 나타날 것으로 생각됩니다. 이번 포스팅은 공개된 Alphafold2의 소스 코드와 데이터 베이스 자료를 정리해보고자 합니다. Alphafold2의 경우, 기존에 실험적으로

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Bioinformatics 비전공자를 위한, Bioinformatics 어떻게 공부하는게 효과적일까?

지난 포스팅에 이어서, 주변에 계시는 분들께 종종 받는 질문에 대한 포스팅입니다. 가끔 주변의 선생님들로부터 아래와 같은 질문을 심심치 않게 듣습니다. “Bioinformatics나 머신 러닝에 대해서 공부하고 싶은데, 너무 막막해요. 무슨 교재를 보고 어떻게 공부하는게 좋나요?” 저는 Bioinformatics 나 Computational Biology 전공자도 아닐 뿐 더러, 코딩을 잘하는 것도 아닙니다. 다만 연구자로써 그 때 그때 필요한 Bioinformatics 도구들을 많이 사용한 경험이 있고, 구글링을

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임상 빅데이터와 딥러닝(Deep Learning)을 활용한 연구와 고려사항

2년전부터 임상 빅데이터에 딥러닝 (Deep Learning) 기술을 접목하여 준비했던 논문이 있는데, 최근에 미국 심장학회 (American Heart Association)에서 발간하는 Stroke 지에 게제 승인이 나서, 관련된 내용을 정리하는 포스팅을 남길까 합니다. 의료 정보 빅데이터에 기계 학습 (Machine Learning) 기술을 활용하여 발표 하였던 저희의 첫번째 논문에서는 800명 정도의 환자 데이터를 이용하였는데, 당시 논문은 DIC 진단에 대해 기존 방법에 비해 진단 정확도를 높일 수는

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의학 연구를 위한 기계학습: Supervised learning의 연구 설계 구조

  이번 학기 마지막 대학원 수업으로 ‘인공지능과 의학 응용’이라는 과목을 수강 중입니다. 수강 인원을 보면, 얼마나 많은 임상 선생님들이 인공지능 (Artificial Intelligence)을 이용하여 의학 연구에 응용하는 것에 관심이 많은지 알수 있었습니다. 학기가 다 끝나지는 않았지만, 안타깝게도 강의 교수님이 통계학과 선생님이라 그런지 수업을 신청한 임상 선생님들의 요구(Needs)와 수준을 제대로 파악하지 못한 듯 합니다. 대학원 수업에 대한 약간의 답답함이 생겨, 의사들의 입장에서

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