Tag Archives: cancer genetics

[논문 소개] 담관암(Biliary Tract Cancer)의 정밀 의료 실현을 위한 연구

작년부터 미국에 오기 직전까지 부랴부랴 리비젼을 하느라 너무 힘들었던 논문이 드디어 온라인 게제가 되어서, 소개를 해볼까합니다. 사실 이 프로젝트는 2017년부터 무려 햇수로는 4년간 끌어왔던 프로젝트인데, 그래도 이렇게 마무리를 짓고 소개를 할 수 있어서 다행입니다. 유전체 연구로 박사 과정을 막 시작하면서, 평소에 알고 지내던 김민환 교수님으로 부터 담관암 (Biliary Tract Cancer) 공동연구를 제안 받게 되었고, 매우 힘들고 지난했던 시간들을 겪으면서 마무리를

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[유전학 중요개념 정리] Driver vs. Passenger mutation in cancer

암유전체 분석 과정에서 가장 어려운 점은 과연 어떤 유전적 변화가 암 발생의 원인이 되었는가를 밝혀내는 것입니다. 왜냐하면 대부분 검출되는 유전적 변화는 살아가면서 누적된 체세포 변이들의 결과로 암 발생의 직접적 원인이 아니기 때문입니다. 그래서 이번 글에서는 암유전체 중요 개념인 Passenger mutation과 Driver mutation에 대해서 정리해 보고자 합니다. 관련 포스팅 보기> [유전학 중요개념 정리] Germline vs. Somatic mutation 우리는 살아가면서 다양한 환경에

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암유전체 분석: GISTIC을 이용한 Somatic Copy Number Alteration 분석

암유전체 분석은 크게 SNV/INDEL 수준의 Mutation 분석과 Chromosome/CNV 수준의 Somatic Copy number Alteration (SCNA) 분석으로 나눌 수 있습니다. 과거에 SCNA는 주로 SNP array 또는 Array CGH과 같은 Microarray를 이용하여 시행하였지만, 최근에는 NGS 데이터를 활용하여 2가지 분석을 모두 시행할 수가 있습니다. 이번 포스팅은 NGS 데이터를 활용하여, SCNA를 분석하는 Genomic Identification of Significant Targets in Cancer (GISTIC) 분석 방법에 대해서 정리해보고자 합니다.

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면역 항암제, Immune checkpoint inhibitor의 원리 및 종류

최근 종양학 분야에서의 신약 개발 및 암치료에 대한 관심사는 온통 면역 항암제, Immune checkpoint inhibitor에 쏠려 있습니다. 그래서 이번 포스팅은 면역항암제의 작동 원리와 종류, 및 신약 개발 등에 대해서 정리해 보고자 합니다. 사실 면역 항암제가 핫하게 떠오른 것은 최근의 일이지만, 기본적인 작동 기작에 대해서는 이미 오래전부터 알려져 있었습니다.   우리 몸의 면역 체계는 자기는 인식해서 보호하고, 외부의 항원 (Antigen) 또는

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