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Protein Structure Visualization: RCSB Protein Data Bank (PDB) & PyMOL

단백질을 구성하는 아미노산의 서열을 안다고 하더라도 단백질의 3차원적인 구조 (Protein 3D structure)를 예측하는 것은 매우 어려운 일입니다. 최근 구글 딥마인드에서 딥러닝을 이용한 AlphaFold를 개발해서, 3차원적인 구조를 성공적으로 예측한 논문 (아래 reference) 이 발표된 바 있지만, 전통적으로 가장 확실하게 구조를 확인하는 방법은 X-ray 회절을 이용한 Crystallography 방법 입니다. 많은 연구를 통해서, 이러한 3차원 단백 구조를 보관하고 있는 data bank가 있는데, 오늘

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