Category Archives: 일반

Bioinformatics 비전공자를 위한, Bioinformatics 어떻게 공부하는게 효과적일까?

지난 포스팅에 이어서, 주변에 계시는 분들께 종종 받는 질문에 대한 포스팅입니다. 가끔 주변의 선생님들로부터 아래와 같은 질문을 심심치 않게 듣습니다. “Bioinformatics나 머신 러닝에 대해서 공부하고 싶은데, 너무 막막해요. 무슨 교재를 보고 어떻게 공부하는게 좋나요?” 저는 Bioinformatics 나 Computational Biology 전공자도 아닐 뿐 더러, 코딩을 잘하는 것도 아닙니다. 다만 연구자로써 그 때 그때 필요한 Bioinformatics 도구들을 많이 사용한 경험이 있고, 구글링을

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블로그 포스팅 작성 과정과 작성 이유

가끔 지인들과의 모임에 가면, 제 블로그를 잘 봤다면서 먼저 얘기를 꺼내주는 경우가 있습니다.   그러면서 블로그 글과 관련하여 여러가지 내용들을 물어봐주시곤 하는데, 사실 블로그를 운영하는 것은 어떠한 경제적 이득도 없거니와,  생각보다 시간도 많이 들고, 어떤 때는 귀찮은 일이기도 합니다. 그래도 간간히 글을 봐주시는 숨은 구독자를 위해서, 오늘은 블로그의 글 작성 과정과 작성 이유에 대한 글을 써보겠습니다.   0. 블로그 포스팅의 작성

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[책 소개] 유전자 사냥꾼, Genome: The Story of the Most Astonishing Scientific Adventure of Our Time–The Attempt to Map All the Genes in the Human Body

지난 한달 동안 육군훈련소로 기초 군사 훈련을 다녀왔습니다.  늦은 나이에 띠동갑 동생들과 군사 훈련을 받는게 육체적으로는 참 힘들었는데, 그래도 생각을 비우고 새롭게 다시 시작할 수 있는 계기가 된 것 같습니다. 논산 훈련소에서 새벽 3시에 복도에서 불침번을 서다가 우연히 책장에서 눈에 띈 책이 있는데, 그 책이 오늘 소개하고자 하는 ‘유전자 사냥꾼‘ 이라는 책입니다. 우연히 발견한 책이 제게 주말 시간의 단비 같은

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영국의 정밀 의료 사례: UK biobank, 100,000 Genome Project, NHS England 까지

정밀 의료 (Precision Medicine)와 관련하여 최근에 매우 감명을 받은 영국(UK)의 사례를 보면서, 전반적인 연구 동향 및 정밀 의료가 실제 의료 시장 변화에 미치는 동향에 관한 글을 남겨봅니다. 영국은 확실히 사회 복지 체계가 잘 잡혀서 의료 분야에서도 많은 변화를 주도하고 있으며, 체계도 매우 구체적이고 잘 잡혀있습니다.   UK BioBank 이러한 특성은 가장 선도적으로 영국인들의 유전체 정보를 구축하는 UK Biobank project에도 잘

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논문 쓰기 A to Z: 유용한 자료와 개인적인 팁

Academia에 있는한 논문 쓰기는 이제 필수가 되었습니다. 저는 논문을 쓰기 시작한지 이제 5년째인데, 항상 논문을 쓰면서 하는 생각은 어떻게 하면 조금이라도 더 잘 쓸 수 있을까 고민하는 것이었습니다. 전공의 2년차 때 첫 논문을 썼는데, 아무도 어떻게하면 쓸 수 있다는 걸 가르쳐 주지 않았고, 교수님들은 바쁜 임상 업무로 제대로된 논문 지도를 해주실 여력이 없었습니다. 지금 돌이켜보면 그럴 때 가장 스승은 리뷰어들이었던

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NGS 분석 파이프 라인의 이해: GATK Best Practice

최근들어 제 블로그의 방문자들이 눈에 띄게 증가했습니다. 대부분 구글 검색을 통해서 유입되는 분들인데, 검색어 통계를 보니 NGS 관련 내용에 대해서 검색하다가 들어오는 사람들이 많았습니다. 그래서 저에게는 쉬운 내용들이라 하더라도, 일반인들이 궁금해하는 내용에 대해서도 정리해두어야 겠다는 생각이 들어서 이번 포스팅은 NGS 장비를 통해서 생산된 데이터를 어떻게 분석하는지, 전반적인 파이프 라인에 대해서 개념을 소개하는 포스팅을 올려볼까 합니다. 우선, 차세대 염기 서열 분석법

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Excel을 이용한 Forest plot 그리기

최근에 논문 작업에 집중하다보니 블로그 업데이트가 소홀해지게 되네요. 오늘은 최근 논문 작업을 하면서 유용하게 활용하였던, 엑셀을  이용한 Forest Plot을 그리는 내용을 포스팅해볼까 합니다. 저도 코딩은 남이 만든 것들은 살짝 바꿔서 사용하는 초보라서, 코딩 후 프로그램을 이용해서 그리는 것보다는, 그림을 기호에 맞게 요리 조리 수정하는데는 아무래도 엑셀과 파워포인트가 더 쉬운 사람입니다. 그래서 논문 Figure 작업을 할 때는 엑셀을 이용하여 뼈대를 그리고,

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