Category Archives: 실험실 노트

Gene assembly method: SLIC, Gibson and CPEC assembly

유전자 조각 단편(fragments)들을 하나의 유전자로 assembly 하는 다양한 방법들 정리. 1) SLIC (sequence and ligase independent cloning) Nature Methods volume4, pages251–256 (2007)에 소개. 3′ exonuclease를 사용하고, dCTP를 넣어준다는 점이 특징. 2) Gibson assembly Nature Methods volume6, pages343–345 (2009)에 소개 5′ exonuclease를 사용하고, 따로 dNTP를 넣어주지 않는다. 3)  CPEC (circular polymerase extension cloning) Circular Polymerase Extension Cloning of Complex Gene Libraries and Pathways. PLOS ONE 4(7): e6441. 에 소개 Homology 기반으로 overlap을 만들고, dsDNA를 denature

더 보기

Gibson Assembly 활용

전통적인 Restriction enzyme을 활용한 Cloning의 경우, overhang되는 nucleotide가 많아야 4~6개 정도 밖에 안되기 때문에 특이도도 떨어지고, 효율성의 측면에서 안타까운 점이 많다. Gibson assembly는 Restriction enzyme site에 구애받지 않으며, T5 exonuclease의 특성을 활용하여 더 특이적이고 효율적으로 Cloning을 수행할 수 있다. 마지막으로 동시에 여러개의 assembly를 동시에 한번에 반응시킬 수 있어 시간이 엄청나게 단축되며 편리하다. Primer design Gibson assembly는 서로 fusion 하고자 하는

더 보기

[스크랩] Tips for successful cloning from NEB

NEB 사이트에서 클로닝 실험에 도움이 되는 유용한 동영상이 있어서 스크랩합니다.   Overview of PCR Cloning https://play.vidyard.com/wDDbDDd7jvDsKfRdqRXkLm.html?v=3.1.1   How to Perform a Transformation with NEB Competent Cells https://play.vidyard.com/M5RjwU8vrfx529RgXrKaoE.html?v=3.1.1   Tips for Successful Transformations with NEB Competent Cells https://play.vidyard.com/4dZcVM1oy6cuhqjoKhgVCk.html?v=3.1.1

더 보기

[실험실 노트] 성공적인 Cloning 실험을 위한 Tip

최근에 뒤늦게 파이펫을 잡기 시작해서, 요새 wet lab의 세계에 풍덩 빠져 있습니다. 두달 가까이 클로닝 실험만 했는데, 흔히 말하는 사수가 없어서 고생이란 고생은 죽실나게 하면서 실패하기를 여러 차례, 드디어 클로닝 실험에 성공하였습니다! 구글신과 BRIC 실험 Q&A 등등 실험 노하우에 대해서 살펴 보면서 나름대로 연구를 했는데, 이번 포스팅은 이러한 저만의 개(?)고생을 토대로 터득한 클로닝 실험의 노하우들을 포스팅해보고자 합니다. 어떤 제한 효소(Restriction

더 보기
Recent Entries »